AppService/関数アプリの Linux 環境に exe ファイルをアップロードする方法
構成 -> アプリケーション設定 の WEBSITE_RUN_FROM_PACKAGE は、Zipファイルとしてデプロイした場合、ポータル上でソースコードなどを変更できないように制御するためのものです。
したがって、構成 -> アプリケーション設定に WEBSITE_RUN_FROM_PACKAGE が設定されている場合は削除する必要があります。
Visual Studio の場合
添付ファイルのところをチェック入れずに設定してデプロイ（発行）する
Visual Studio Code の場合
以下コマンドでデプロイする
func azure functionapp publish (関数アプリ名) --nozip
そうすると、ロックが解除されて kudu サイトからファイルのアップロードが可能になります。
参考サイト
（１）デプロイオプション --nozip について記載されている
（あとで載せます）
（２）Visual Studio で関数アプリを作成～デプロイ手順が記載されている
以上です。